Der Hauptgrund für den Pilotenstreik ist die befürchtete Verlagerung von Arbeitsplätzen auf Billigflugtöchter im Ausland. Außerdem fordert die Pilotengewerkschaft Cockpit 6,4 Prozent mehr Gehalt. Da die Pilotenstreiks bis Donnerstag laufen sollen, hat Lufthansa bereits in den vergangenen Tagen einen Notfallfahrplan eingesetzt.

Auf einer Pressekonferenz zum Beginn des Pilotenstreik von Lufthansa, Lufthansa Cargo und Germanwings wurden am 17. Februar 2009 Hintergrundinformationen und die Ergebnisse der Urabstimmung bekannt gegeben.

Lufthansa hat am Montag auf den Pilotenstreik mit einer einstweiligen Verfügung reagiert, da die Fluggesellschaft den Pilotenstreik als „unverhältnismäßig“ bewertet. Noch am Montagabend hat das Arbeitsgericht Frankfurt Lufthansa und die Vereinigungen Cockpit angehört und den Pilotenstreik beendet. Für die kommenden Tage gilt allerdings weiterhin der Notfallfahrplan, da das internationale Flugnetz keine Änderungen innerhalb von wenigen Stunden zulässt. Es kommt also weiterhin zu Einschränkungen und Ausfällen im deutschen Flugverkehr.

Neben den Sonderflugplänen hat die Lufthansa anlässlich des Pilotenstreiks eine Service Hotline eingerichtet. Unter der kostenlosen Rufnummer 0800 8506070 können aktuelle Informationen und Flugdaten abgefragt werden. Bei Annullierung, Überbuchung oder Verspätung ab drei Stunden haben Passagiere allerdings keinen Anspruch auf Entschädigung, da die Pilotenstreiks bei Lufthansa als „außergewöhnlicher Umstand“ eingestuft werden.